Sơ đồ nguyên lí RAS: bể nuôi → tách chất rắn → khâu xử lí sinh học/chất hoà tan phù hợp → điều chỉnh điều kiện nước theo thiết kế → cấp lại bể. Chất rắn phải có dòng thu gom ra ngoài; hệ còn cần bù nước, kiểm tra và xử lí dòng thải, không là vòng kín vĩnh viễn. Trong ví dụ lọc sinh học hiếu khí, nitrogen có thể chuyển từ dạng ammonia/ammonium qua nitrite đến nitrate, cần oxygen và điều kiện vận hành; chuyển dạng không đồng nghĩa đã loại hết nitrogen. Phải theo dõi cả sản phẩm trung gian, không chỉ thấy nước trong.
Biofloc tận dụng các hạt kết tụ hữu cơ–vi sinh trong hệ được quản lí, có thể góp phần chuyển hoá chất và tạo nguồn dinh dưỡng bổ sung khi phù hợp; khác RAS dùng chuỗi xử lí và tuần hoàn nước qua các khâu. Không tự tạo biofloc bằng thêm men hoặc đường theo phỏng đoán, không nêu công thức nuôi cấy. Cả hai cần nguồn điện, oxygen, người vận hành và dự phòng; cảm biến, dữ liệu tin cậy và quy trình ứng phó mất điện/mất tín hiệu là phần thiết kế, không phụ kiện có thể bỏ.