Bản chất và cơ chế
Cơ quan tương đồng: có chung nguồn gốc có thể khác chức năng.
Hóa thạch: dấu tích sinh vật quá khứ được bảo tồn.
Bằng chứng phân tử: so sánh trình tự và các đặc điểm phân tử để suy quan hệ.
Cơ quan tương tự giống chức năng nhưng nguồn gốc khác, có thể do tiến hóa hội tụ. Cấu trúc thoái hóa và sinh học phân tử bổ sung bằng chứng tổ tiên chung. Hồ sơ hóa thạch không đầy đủ; không thấy một dạng không chứng minh nó chưa từng tồn tại.